标识以圆形为基本型，体现上海光机所老中青科学家和全所职工四十年来同心同德、团结奋斗，攀登科学高峰不断成熟的象征（追求完整、成就圆满）。

标识以兰色为基调，象征科学研究严谨严密的文化氛围，体现上海光机所海纳百川的开放精神。
标识图案的三个部分均以光学单元平、凸和凹透镜构成，中间部分为抽象的谐振腔形状，它们有机组合在Optics的“O”中，意在表达上海光机所以“光学”（现代光学，光科学）为主要学科研究的特征内涵。

标识选择开放、变化的圆形，上部凸凹透镜相互倚靠，形成弯曲向上的空间，表示上海光机所不懈进取，引领向上的动态趋势；下部平实的光学材料，寓意坚实的光电子支撑技术和材料是上海光机所发展的基石。圆润秀丽的图形灵动，标志着上海光机所秉承传统光学领域的雄厚基础，胸怀开拓新兴科研领域的进取精神，构筑面向世界的现代光学研究所。